Сергей Бодров родился в семье известного сценариста, режиссера и писателя – Сергея Бодрова-старшего, в Москве, 27 декабря 1971 года.
В детстве мечтал стать мусорщиком, чтобы разъезжать по улицам на оранжевом автомобиле.
Сергей учился в школе, где углубленно изучал французский язык, по отзывам знакомых, был подвижным, озорным, но никогда не опускался до пакостей или злобы.
После занятий в школе Сергей работал на кондитерской фабрике «Ударница», упаковывая сладости.
Окончив школу, Сергей планировал поступить во ВГИК, однако отец пояснил ему, что в кино стоит идти, только если чувствуешь истинную страсть к нему. Если же страсти нет, то от такой карьеры лучше отказаться, что Сергей и делает. В период 1989-1993 года он учится в МГУ, изучая истории искусства, специализируясь на венецианской живописи периода Возрождения.